La agente doble Sydney Bristow, junto con su enlace con la Central de Inteligencia, el también agente Michael Vaughn se verá implicada en un nuevo y complicado caso: la búsqueda de una peligrosa arma biológica. Los dos agentes irán encubiertos para recuperar una nueva arma. Mientras tanto, Sydney se mostrará preocupada porque Vaughn aún no ha dejado atrás su relación con Lauren y Nadia interrogará a Jack para descubrir la verdad sobre su madre.