La segunda temporada de Smallville inicia su transmisión el 24 de septiembre de 2002 y culmina el 20 de mayo de 2003. Consta de 23 episodios. Clark empieza el nuevo año escolar con una nueva capacidad: visión de calor y una nueva vulnerabilidad: kryptonita roja. Él comparte su secreto con Pete y sigue batallando villano infectados por kryptonita verde, pero la búsqueda de descubrir los misterios de sus proprios origenes ocupa la mayor parte de su atención este año. Pete se acerca aún más a la familia Kent después de averiguar del secreto de Clark. Lana se muda para vivir con los Sullivan después de que su tía se muda de Smallville; y Lana encuentra a su padre biológico, Henry Small. Lex batalla ferozmente contra su padre por el control de LuthorCorp miéntras se enamora y se casa con la Dra. Helen Bryce. Chloe intenta de resolver sus sentimientos contrapuestos y relaciones complejas con Clark y Lana.