Un groupe de résistants dirigé par Molly fait face à une escadrille Métarex. Le Dr Robotnik, Shadow et Rouge leur portent secours. Le hérisson noir se lie d'amitié avec la jeune fille. Léon envoie Molly lui chercher une disquette, mais la piège en tentant de la tuer avec des explosifs reliés au coffre auquel il lui a confié la clé. Molly comprend alors que Léon a passé un marché avec les Métarex : s'il élimine Molly et leur livre Robotnik, les résistants seront épargnés. Molly essaye de raisonner ses camarades, mais en vain, car ces derniers en ont assez de se battre pour sauver leur planète. Molly décide d'affronter seule les Métarex, mais la jeune fille se fait tuer sous les yeux de Shadow qui se débarrasse des ennemis. Le hérisson noir donne les émeraudes à Rouge et s'isole sur la planète pour rendre hommage à Molly. De son côté, le savant reçoit un appel du roi Blanc…