Per salvare la vita di Will, Sydney e Vaughn devono distruggere l'ennesimo dispositivo. L'Alleanza decide alla fine il destino di Emily Sloane. Jack scopre chi è la talpa che lavora per Khasinau all'interno della CIA. Quest'ultimo ha rapito Syd. La giovane incontra "l'Uomo", ma si tratta di una donna: sua madre.