뒤쫓던 범인 차량을 놓친 코난과 치하야. 두 사람은 곧 검문소에서 얻은 단서로 범인이 차량 색깔을 바꾸고 도주 중임을 알아차리고 다시 뒤를 쫓기 시작한다. 한편, 코고로와 란, 소노코는 요코미조 경부로부터 얼마 전에 코난이 해결한 사건이 치하야의 동생 켄지가 살해당한 사건의 범인이 벌인 일이었다는 이야기를 듣는다. 그래서 치하야가 평소에 코난을 만나면 꼭 보답하겠다고 말했다는 것. 한편, 난죠 사장에 대한 속보가 뜨면서 아가사 박사의 목숨이 위태로워지는데...