De Chaldea Veiligheidsorganisatie, belast met het voorkomen van de vernietiging van de mensheid, constateert een anomalie: de Near-Future Observation Lens: Sheba bewees het uitsterven van de mensheid in 2019. Chaldea wijst ruimte-tijd singulariteiten aan waarvan men denkt dat ze de oorzaak zijn van het uitsterven van de mensheid en voert een verboden actie uit. ceremonie genaamd Rayshifting, waarbij magiërs worden omgezet in Spiritrons en naar het verleden worden gestuurd om de mensheid te herstellen. Onder het bevel van Romani Archaman en met de hulp van talrijke dienaren beginnen Ritsuka Fujimaru en Mash Kyrielight met het herstellen van Singularity F: Flame Contaminate City, Fuyuki. Van daaruit banen ze zich een weg door zeven singulariteiten en lossen ze elk op. En nu ligt het pad naar de Laatste Singulariteit, de Grote Tempel van de Tijd: Salomon, open en is het laatste gevecht tegen de Koning der Magiërs aan de gang.