Sydney, Vaughn, Jack en Dixon zijn verbaasd als CIA-directeur Hayden Chase hun nieuwe baas wordt. Een mogelijke verzoening tussen Sydney en Vaughn staat op losse schroeven en Sydney hoort een vreselijk geheim over Jake dat hun relatie kapot kan maken. Ondanks Sydneys bezwaren moet ze van haar nieuwe baas samen met Jack achter een moderne samoerai aan. Sydneys halfzus Nadia aarzelt om terug te keren in de spionagewereld als ze de waarheid hoort over haar vader. Vaughn en Jack zijn verenigd door de vreselijke misstap uit Jacks verleden, dit tot ongenoegen van Sydney.