Messerscharfer Verstand, geniale Kombinationsgabe – mit seinen gerade mal 17 Jahren gilt Shin’ichi Kudo bereits als Meisterdetektiv. Immer wieder hilft er sogar der Kriminalpolizei dabei, die kniffligsten Fälle zu lösen und den wahren Täter zu stellen. Eines Tages jedoch, als er mit seiner Freundin Ran Môri einen Vergnügungspark besucht, beobachtet er zwei Männer in Schwarz bei einem verdächtigen Deal. Dabei bemerkt er den Verbrecher hinter sich nicht, der ihm ein mysteriöses Gift verabreicht. Schließlich erwacht Shin’ichi im Körper eines Grundschülers – doch aufhalten lässt er sich davon nicht. Um nicht wieder ins Visier der Schwarzen Organisation zu geraten, lebt er fortan bei Ran und ihrem Vater und ermittelt mithilfe seiner Freunde fleißig weiter.