오차노미즈 박사 측에서 개발한 무인 지하철을 타고 즐거운 시간을 보내는 아톰과 반 친구들. 사람 없이도 모든 것이 컨트롤되어 최신식 지하철은 어린 아이들을 흥분시키기에 충분했다. 한편, 아톰 때문에 리비안마저 자신을 거역한다고 생각한 아틀라스는 결투를 통해 아톰을 해치우기로 마음먹고, 사실을 안 콧수염 영감과 오차노미즈 박사는 아톰을 과학청 지하의 대형 금고에 보호하기로 한다. 그런데 갑자기 마음대로 움직이기 시작하는 무인 지하철. 아틀라스가 아톰을 찾기 시작한 것이었는데...