La SEELE a envoyé à la NERV un nouveau pilote, le Fifth Children, pour remplacer Asuka qui s'est enfuie et dépérit à vue d’œil. Son nom est Kaworu Nagisa. Garçon étrange, il se lie d'amitié avec Shinji et se présente à Rei comme son "semblable". Sa synchronisation avec l'Eva d'Asuka est parfaite. Son analyse des gens qui l'entourent est perçante. Misato, cherchant à en savoir plus, découvre que tous les fichiers le concernant ont été effacés depuis longtemps déjà. Pour quelle obscure raison ?